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Avant MySQL 5.1, une compilation des sources incluait le moteur de stockage InnoDB par défaut. Depuis MySQL 5.1, il est nécessaire de le préciser les moteurs de stockage à compiler grâce au paramètre "--with-plugins" :

--with-plugins=PLUGIN[[[,PLUGIN..]]]
                        Plugins to include in mysqld. (default is: none)
                        Must be a configuration name or a comma separated
                        list of plugins.
                        Available configurations are: none max max-no-ndb
                        all.
                        Available plugins are: partition daemon_example
                        ftexample archive blackhole csv example federated
                        heap ibmdb2i innobase myisam myisammrg ndbcluster.